Trzecią wielką plagą nawiedzającą niezbyt często ludność Starego Sącza były epidemie cholery. Z końcem XVIII i w pierwszej połowie XIX wieku choroba ta trapiła ludność niejednokrotnie. Najwięcej ofiar pochłonęła w 1831 roku. Władze miasta starając się zapobiec klęsce, poleciły przerobić świeżo zakupiony budynek półfranciszkański na szpital choleryczny.
Gubernium przydzieliło się dodatkowe sumy na leczenie chorych. Epidemia szerzyła się na całej Sądecczyźnie. W Nowym Sączu zmarło około 300 osób. Część tych pieniędzy sprzeniewierzył zresztą ówczesny burmistrz Antoni Menger. W księdze protokołów sesji cechowych cechu kowali i ślusarzy pod datą 26 sierpnia 1831 roku zanotowano: „ponieważ naówczas z przyczyny zaszłych chorób majstrowie i czeladź w największej części nie stawili się, tedy gdy nawet niektórzy poumierali, drudzy chorymi byli, tedy ta sesyja zawieszona została”.
Miasto przychodziło z pomocą osobom dotkniętym cholerą czy klęską głodu. W księdze gruntowej zachował się m.in wpis rewersu Gabriela Jonika, który zeznał, że „podczas wielce krytycznego czasu w roku 1831, już właśnie od głodu memu życiu śmierć groziła, od Szlachetnego Magistratu starosądeckiego złr. 10 pożyczył”. Bartłomiej Kozyra otrzymał pożyczkę złr. 8 na „utrzymanie życia i ratowanie żony w chorobie”.
Cholera pochłonęła w 1831 roku mnóstwo ofiar. Zmarłych chowano poza miastem na Górze Miejskiej. Aby zapobiec rozszerzaniu się i powtarzaniu epidemii, zasypywano doły z nieczystościami i usunięto ogromne bagnisko koło budynków plebańskich. Mimo to w 1888 wybuchła kolejna epidemia, tym razem tyfusu. Pamięć o tym strasznym wydarzeniu przetrwała przez długie lata. W setną rocznicę tragedii w 1931 roku mieszkańcy Starego Sącza wystawili na miejscu cmentarza cholerycznego pamiątkową kapliczkę-pomnik. Kolejna epidemia cholery związana zresztą z klęską głodu nawiedziła miasto w 1848 roku i ciągnęła się przez kilka następnych lat z większymi nasileniami w latach 1849, 1850 a później w 1855.
