Organizatorem muzeum jest Towarzystwo Miłośników Starego Sącza, a dyrektorem osoba aktualnie pełniąca funkcję Prezesa Towarzystwa. Początkiem obecnego muzeum było przekazanie przez starosądeczanina Józefa Paszkiewicza (1887-1953) szewca i kolekcjonera, współzałożyciela Towarzystwa Miłośników Starego Sącza, swych zbiorów – pamiątek z historii miasta m.in. po starosądeckich cechach rzemieślniczych oraz po Towarzystwie Gimnastycznym „Sokół”. Zbiory te w 1956 r. umieszczono w dwóch salach zabytkowego „Domu na Dołkach”, oddanego po gruntownym remoncie na cele kulturalne, tworząc Izbę Regionalną.
W 1976 r. na cele ekspozycyjne przyjęto kolejne 3 sale i placówka przyjęła nazwę Muzeum Regionalne oraz imię Seweryna Udzieli (1857 – 1937), urodzonego w Starym Sączu etnografa i kolekcjonera, założyciela Muzeum Etnograficznego w Krakowie. Na przełomie lat 80. i 90. XX w. dobudowano 2 sale oraz przejęto facjatę organizując nowe, tematyczne ekspozycje w całym budynku. Od 1999 r. muzeum prezentuje pamiątki z wizyty papieża Jana Pawła II, a w 2004 r. urządzono Izbę Pamięci ks. Józefa Tischnera. Na początku 2012 r. wykonano generalny remont budynku, zainstalowano ogrzewanie elektryczne, monitoring przeciwpożarowy oraz monitoring telewizji wewnętrznej. Dokonano gruntownej zmiany ekspozycji muzealnej.
Goście szczególni muzeum: w 1999 r. Maciej Płażyński – marszałek Sejmu RP; w 2000 r. Władysław Bartoszewski – minister Spraw Zagranicznych RP: w 2002 r. Andrzej Wajda – reżyser filmowy i teatralny, z żoną Krystyną Zachwatowicz, scenografką, prof. sztuk plastycznych; w 2006 r. Alina Janowska – aktorka, tancerka i piosenkarka; w 2011 r. Adam Rotfeld – prof., minister spraw zagranicznych RP; w 2013 r. Janusz Piechociński, wicepremier RP i minister gospodarki, prezes NK PSL; w 2014 r. Jerzy Stuhr, aktor, reżyser, prof. sztuki; w 2015 r. Małgorzata Walewska, artystka operowa – mezzosopranistka (od 2015 r. pełniąca funkcję dyrektora artystycznego Międzynarodowego Festiwalu i Konkursu Sztuki Wokalnej im. Ady Sari w Nowym Sączu). Funkcję kustosza muzeum pełnili: Józef Tokarczyk 1956-1967, Franciszek Malik 1967-1978, Klara Malik 1976-1996, Wojciech Przystaś1978–1996. Od 1996 r. kustoszami muzeum są: mgr inż. Andrzej Długosz, mgr Magdalena Fryźlewicz
Oficjalna Strona muzeum : www.muzeum.stary.sacz.pl
